Lébényben, hasonlóan sok dunántúli városhoz és községhez, már az 1530-as évek végén a lakosok nagy része önként áttért az evangélikus hitre. Õk kapták meg a kisebbik, egytornyú templomot, amely a Fõ út és a Damjanich u. elágazásánál állt. amíg az 1878. évi tûzvészben le nem égett.
1630-ban, az ellenreformáció idején a gyõri püspök katonák által ezt a templomot visszavette. A lelkészt és a tanítót is elûzték. Egy idõ múlva Báthory István szabadságküzdelmeinek köszönhetõen bécsi béke megkötése után visszaadták, de 1650 után végleg elvették. Nehéz idõk következtek az evangélikusokra. Egy ideig csak titokban gyakorolhatták a hitüket. A pozsonyi vésztörvényszék 1673-ban számos lelkészt gályarabságra ítélt mígnem az 1681-es soproni országgyûlés megengedte, hogy minden megyében épülhet két un. artikuláris templom. Ezek többnyire félre esõ helyen lettek kijelölve. Mivel Moson megyében nem jelöltek ki ilyen helyet ezért a lébényiek a Gyõr megyei Tétre jártak templomba. Ha az idõjárás nem engedte az utat, akkor otthon a háznál olvasták fel az igét és hozzá könyvbõl a prédikációt, az énekeskönyvbõl pedig énekeltek. A stóladíjat akkor is meg kellett fizetni a plébánosnak, ha Téten esküdtek.
II. József császár 1781-es Türelmi Rendeletében megengedte, hogy mindenütt, ahol legalább száz evangélikus család él ott építhetnek maguknak templomot és iskolát, hívhatnak lelkészt és tanítót. Így alakulhatott újra 1786-ban a környékbeli települések közül egyedül Lébényben a gyülekezet. Meghívták az elsõ lelkészt, Semmelweis Sámuelt. Zichy Pál a földesúr nem akarta megengedni, hogy a bíró házát és telkét megvegyék. A nádorhoz fellebbeztek és így kapták meg az engedélyt a telek megvásárlásához. A nagyobbik ház lett a lelkészé, a kisebbik a tanítóé. Az istentiszteletet kezdetben egy fából épült pajtában tartották. Mivel az elsõ lelkész egy év után meghalt a magyar és a német hívek között pedig viszály támadt a templomépítés 1795-ig húzódott el. Akkor azonban húsvéttól augusztus 20-ig elkészült. A templom a rendelet szerint nem nyílhatott közvetlenül utcáról, ezért van elõtte a kis udvar. Oldalról úgy kellett kinéznie mint egy magtárnak, ezért vannak két sorban az ablakok. Ekkor már megengedték a toronyépítést. Az eredeti torony hengersüveges volt, tetején azzal a kettõs kereszttel, amely most a homlokzati falon látható. Ezt a tornyot 1895-ben lebontották és helyette egy barokkos toronysisakot építettek, amely 1988-ban lette lebontva, majd újraépítve.
Az oltár szintén barokkos. Elemei a XVIII. sz. közepérõl valók, a császár által feloszlatott magyaróvári kapucinus kolostorból. Az oltárt lutheri tanítás szerint összeépítették a szószékkel, hogy a figyelem egyfelé irányuljon. A karzat is eredeti, amely eleinte rövidebb volt. Ott ültek a legények. Ezen van a templom immár második pneumatikus orgonája, amely a pécsi Angster gyárban készült. Lent jobbra ültek a férfiak, balra a nõk, elõl pedig a gyermekek. Elõl az ólomüveg ablakok a négy evangélistát ábrázolják jelképeikkel együtt. Máté: angyallal, Márk: oroszlánnal, Lukács: ökörrel és János: sassal.